Precis som de flesta av Clarkes vänner visar Murphy ilska över sina handlingar under Battle for Eden och påminner ofta Clarke om hennes misstag.

I In The Gospel of Josephine är Murphy en av de första som märkte att något är fel när Josephine Lightbourne fortsätter att kalla honom "John" istället för "Murphy". Efter att Josephine avslöjat att Clarke är död, efter att ha offrats av Josephines föräldrar för att få henne tillbaka, blir Murphy synligt upprörd, fysiskt rekylerar från Josephine. Men Josephine erbjuder honom chansen till odödlighet.

Även om han är upprörd över Clarkes död, samarbetar Murphy med Josephine för chansen till odödlighet för honom själv och Emori . Murphy, medan han försökte få Bellamy på deras sida, hävdar för Bellamy att han kanske inte alltid har kommit överens med Clarke, men hon var en av deras. I sin tur säger Bellamy att Clarke brydde sig om Murphy även om det inte alltid verkade som det. Även efter att ha fått veta att Clarke fortfarande lever inuti Josephine väljer han att ställa upp med Josephine framför sina vänner tills Josephine använder honom som gisslan. Eftersom de andra inte har någon chans att använda sin ursprungliga plan för att rädda Clarke, instruerar Murphy dem istället att ta Josephine till Gabriels barn så att Gabriel Santiago kan ta bort Josephines Mind Drive .

I Ashes to Ashes återförenas Murphy med Clarke som poserar som Josephine när han hjälper Jade och Sanctum -vakterna att attackera lägret Children of Gabriel. Murphy frågar om Clarke verkligen är död den här gången och för att behålla sitt omslag, hävdar Clarke att hon är och agerar nonchalant om det, vilket stör Murphy synligt.