Com la majoria dels amics de Clarke, Murphy mostra ràbia per les seves accions durant la batalla per l’Eden i sovint recorda a Clarke els seus errors.

A In The Gospel of Josephine , Murphy és un dels primers a notar que alguna cosa va malament quan Josephine Lightbourne continua cridant-lo "John" en lloc de "Murphy". Després que Josephine reveli que Clarke ha mort, havent estat sacrificada pels pares de Josephine per portar-la de tornada, Murphy queda visiblement molest, retirant-se físicament de Josephine. No obstant això, Josephine li ofereix l'oportunitat d'immortalitat.

Tot i que està molest per la mort de Clarke, Murphy col·labora amb Josephine per obtenir la possibilitat de la immortalitat per a ell i Emori . Murphy, mentre intenta aconseguir que Bellamy estigui al seu costat, afirma a Bellamy que potser no sempre s'havia entès amb Clarke, però ella era una d'elles. Al seu torn, Bellamy afirma que Clarke es preocupava per Murphy encara que no sempre ho semblés. Fins i tot després d’assabentar-se que Clarke encara és viu a l’interior de Josephine, decideix fer costat a Josephine per damunt dels seus amics fins que Josephine l’utilitza com a ostatge. Com que els altres no tenen cap possibilitat d'utilitzar el seu pla original per salvar Clarke, Murphy els instrueix que portin Josephine als fills de Gabriel perquè Gabriel Santiago pugui eliminar Josephine's Mind Drive .

A Ashes to Ashes , Murphy es reuneix amb Clarke fent-se passar per Josephine quan ajuda a Jade i els guàrdies del Sanctum incursionen en el campament dels Nens de Gabriel. Murphy pregunta si Clarke està realment mort aquesta vegada i, per mantenir la seva cobertura, Clarke afirma que ho és i s’actua amb indiferència, molestant visiblement Murphy.